في محاولة لإنقاذ سمعته المتضررة في أعقاب الجدل حول التلاعب بالنقاط، عاد أمير إلى باكستان في عام 2015. واستمر من حيث توقف، وألقى العديد من التعويذات القوية. أعظم لحظة في مسيرة أمير كانت بلا شك أدائه الرائع ضد الهند في كأس الأبطال.
لكن الأمور تدهورت عندما خضعت باكستان لتغيير في الجهاز الفني بعد عام. وقال أمير إنه كان ضحية للتحرش العقلي والتمييز عندما تولى وقار يونس ومصباح الحق المسؤولية. علاوة على ذلك، قال لاعبو البولينج السريع إن الإدارة الجديدة كانت تحاول الإضرار بسمعته. في عام 2020، أعلن أمير اعتزاله لعبة الكريكيت الدولية وانتقل إلى المملكة المتحدة للحصول على فرص أفضل. ومع ذلك، تحدث محمد أمير، الذي يلعب لفريق Desert Vipers في الدوري الدولي T20 2024 (ILT20 2024)، بصراحة عن خططه للحلبة الدولية. وبحسب أمير، فقد مضى قدماً وغير أهدافه في الحياة.